Η χρηματοδότησή τους πραγματοποιείται κατ’ έτος διά του ΚΕΕΛΠΝΟ από ειδικό κωδικό του υπουργείου Υγείας και η διαχείριση των χρημάτων γίνεται από τα ίδια τα Κέντρα. Η υφυπουργός Υγείας, Φ. Σκοπούλη και η Γενική Διεύθυνση Δημόσιας Υγείας παρέλαβαν τον Ιανουάριο του 2013 όλα τα απολογιστικά στοιχεία των ετών 2008-2012 από τα Κέντρα Αναφοράς. Έκτοτε, αναμένεται η περαιτέρω χρηματοδότηση των εργαστηρίων.
Το ΚΕΕΛΠΝΟ εκφράζει τον έντονο προβληματισμό του, αφενός για την ανεπαρκή προβλεπόμενη επιχορήγηση για το 2013 και αφετέρου για την καθυστέρηση χρηματοδότησης των Κέντρων Αναφοράς και τα προβλήματα που αυτή δημιουργεί στη διάγνωση του HIV/AIDS, στην έναρξη αγωγής αλλά και την παρακολούθηση των οροθετικών ασθενών.
Επισημαίνεται, ότι η διάγνωση και η επιβεβαίωση της HIV λοίμωξης είναι μείζον θέμα δημόσιας υγείας, με δεδομένη στη συγκεκριμένη χρονική στιγμή και την HIV επιδημία στο χώρο των χρηστών ενδοφλεβίων ναρκωτικών ουσιών. Έτσι, θεωρείται επιβεβλημένη η άμεση έναρξη διαγνωστικών ελέγχων για HIV, συνεπώς και η ανάλογη χρηματοδότηση των Κέντρων Αναφοράς.
